Конечно это тоже глюк, но часто глючность микротиков лечится путем сброса нетинсталлом, созданием пустой конфы и загрузки тех же настроек, что и были, но только не из *.backup или *.rsc файлов, а кусками из экспорта (тот же *.rsc, да) с предварительным редактированием. Задача довольно трудоёмкая, но она того стоит - так как при детальном изучении экспорта весьма часто можно обнаружить всякие ненужные излишества.
ИМХО так происходит при изменении в Winbox-е уже существующих настроек (отдельных строк для CLI), а так же из-за периодических нововведений в синтаксисе CLI.
Особенно это заметно для конфигураций, которые обновлялись через смену ключевых в плане новизны версий RoS.