Я именно о таком случае и говорил - нужна касса. Почитайте по ссылке. Вообще, оплата услуг при помощи карты из личного кабинета это то же самое, что и оплата через POS-терминал, когда выдается чек с фискальным признаком.
Как-то не складывается картинка. Клиент заплатил картой где-то на сайте платежной системы, потом нам эти деньги пришли на расчетный счет безналом. Если я на эту же сумму пробиваю чек, то сумма попадает в книгу кассира-операциониста, всякие Z-отчеты и т.п. и потом я ее должен инкассировать в банк, выписать расходный кассовый ордер, чтобы по книге кассира все сошлось. Но инкассировать-то нечего, деньги в кассу не попали.
А у вас кассового эквайринга нет? (это когда pos-терминал около кассы). Чек сразу, деньги безналом позже, и никого не смущало много лет...