Добрый день!
К сожалению, с QnQ не все так просто - для его кодирования разные вендоры используют разные ethertype. Например, https://forums.juniper.net/t5/Ethernet-Switching/Q-in-Q-0x8100-or-0x9100/td-p/105870
И чтобы это сделать красиво - нужно делать парсер конфигурируемым, а это довольно сложно.
Чтобы не потерялось, лучше всего завести тикет https://github.com/pavel-odintsov/fastnetmon/issues и приаттачить pcap дамп с указанием модели и вендора, с которого он собран, чтобы было на что опираться при модификации парсера.