inhate,
в качестве временного решения сконфигурируйте на PC/Linux не мост, а маршрутизатор с proxy-arp.
ip route add 192.168.0.2 dev eth0
ip neigh add proxy 192.168.0.2 eth1
и так для всех IP.
Решение, конечно, не самое красивое, но вполне рабочее -- позволяет разделить broadcast-домены без изменения настроек у абонентов.
А дальше ставьте управляемые свичи (уровня DES-30xx за $150-200) в узловые точки и прописывайте на них статически FDB. По другому, увы, искать источник таких флудов нереально.
