Если бы я не проверил невозможность AD multi home, я бы ничего не стал здесь писать. Да, проблем больше у клиентов, и чтобы не делать костылей, вланы лучше терменировать на чем нибудь другом! Под линукс есть что то на базе стандартного ldapa, в купе с самбой может держать домен. но стоит ли все это совмещать, вот в чем вопрос.
P.S. не помню где читал стать, но кажется на майкрософте или в одной из их умных книг, суть сводилась к следующему, что при переходе на win 2003 (и когда в сети будут одни win XP) можно будет забыть про netbios, все будет работать на dns ))) (имхо, пока не ощутил)