duplicate второй раз ненадо!пробуй так
vlc -vvv --color --ttl 12 --ts-es-id-pid --programs=1,2 dvb: --dvb-adapter=0 --dvb-frequency=11044000 --dvb-srate=44950000 --dvb-voltage=13 --sout ' #duplicate{dst=standard{access=rtp,mux=ts,url=224.0.0.1:5000},select="program=1",dst=standard{access=rtp,mux=ts,url=224.0.0.1:6000},select="program=2"}'