На счет extacl, selinux(в дебиане 9 он не включен) и тому подобного не скажу.
Но hostname, network cfg, ssh host key и прочие идентификаторы с правами изначальных пользователей и таймстампами теже.
Переносил так с одного железа(там стоял hdd), на другое(ссд меньшего размера) - система перенеслась один в один с теми же настройками и сервисами. причем изначально был grub-efi, переделал там же на grub-pc через chroot.
Топикстартеру без лишнего гемора возможно этот способ бы подошел.
Ссылки скидывал для общего развития для тех кто читает этот топик.
Притом что это описано не где-то на "ссаном" блоге, а но help'е дистриба ubunt'ы (хоть он и для обычных пользователей).
Вам бы стоило дать конструктивный ответ по поводу того, почему так делать нельзя и какие могут возникнуть проблемы.