Рано радовался. Конвертировать PFX в PEM не хочет, жалуется на неподдерживаемые атрибуты. Вроде бы где-то на форуме CryptoPro я читал, что в библиотеке gostengy не реализована генерация ключа, может быть в этом дело.   Вообщем я воспользовался предыдущим советом и поставил на виртуальную Ubuntu 14 утилиту get-cpcert. Утилитой преобразовал ключ в PEM, а уже полученный PEM просто скопировал на сервер, где собран OpenSSL с поддержкой ГОСТ 2012, и уже он спокойно все подписа