На книжках семьи Олиферов (серия "Компьютерные сети" - так же рекомендую, отличные книги следующим этапом) есть хороший эпиграф: "Знание нескольких принципов избавляет от необходимости запоминания множества фактов".
Пока вы не поймете, как что-то работает, вы так и будете бездумно заучивать команды.
Если же хотите в чем-то хорошо разбираться, нужно понять, из чего оно состоит и как работает.
Для этого могу порекомендовать книгу "А. Робачевский: Операционная система UNIX", только последнее издание 2010 года, где уже есть про Linux информации много. Как бы не обзывали эту книгу "сборником манов", лучшей книги по основам UNIX я не встречал на русском языке. Остальные "классические" (типа книги Эви Немет или еще одной, которую настоятельно рекомендовали 12 лет назад, забыл название) в основной своей массе просто набор практических советов и не более того. Большинство из которых еще и устарели 15 лет назад. Или наоборот, слишком специфичны (типа "как в gentoo версии X.Y сделать операцию Z".
Книга читается легко, интересна и при этом достаточно сложна и глубока. После прочтения вы будете понимать, как это работает, зачем и почему так сделано и куда смотреть, если что-то нужно сделать или что-то идет не так.
P.S. Мы тут вдвоем пишем с одного аккаунта dmg, так что можем иметь диаметрально противоположные мнения :-) Выше был не я.