Отписываю результаты экспериментов:1. Ядерный pppoe-server работает исправно на этих vlan-ах;
2. Попробовал без vlan-ов, на чистом eth0 - данная проблема отсутствует!
Предварительные выводы: либо некорректно обрабатывается декримент счётчика ссылок на интерфейсы (в интернетах чаще всего упоминаются какой то счётчик интерфейсов в структурах ядра) в ядерном модуле pppoe, либо проблемы в работе подсистемы pppoe в самом accel-ppp, что маловероятно.
Знающие админы/программисты, помогите, где собака порылась, как этот баг отловить. Со своей стороны могу оказать активное содействие в поисках решения проблемы. Самое главное, повторится ли эта проблема у кого-нибудь ещё?
UPD:
Неповезло мне: https://bugzilla.kernel.org/show_bug.cgi?id=16611
у меня повторяется, но наверное уже не актуально.