вам необходимо будет сделать следующим образом:
2a00:qqqq:wwww:eeee:rrrr::/64 - стык винда-туннельброкер
потом берёте ваш /48 и делите её примерно так:
2a00:xxxx:yyyy::/49 - "магистраль плюс серверы, плюс прочая фигня", где:
2a00:xxxx:yyyy::/64 - сеть между виндой и линуксом
2a00:xxxx:yyyy:8000::/49 - "абоненты", на винде делаете маршрут на эту сеть, в качестве шлюза - линуксовый хост из 2a00:xxxx:yyyy::/64
на линуксе основным шлюзом по ipv6 делаете, соответственно, винду.
вуаля.
на деле, конечно, можно подойти более творчески, просто не забывайте соблюдать главное правило - на каждый l2-сегмент - своя сеть /64. Это минимальная единица в идеологии ipv6.