Под Linux больше драйверов и не нужно подбирать железо как иногда бывает с FreeBSD.
Конфиги находятся в одном месте /etc, а во фре /etc и /usr/local/etc (мелочь в принципе)
Нормальный пакетный менеджер и нормальное обновление. Во фре бывает что при обновление порту нужна более новая версия какой-то библиотеки и обновление останавливается и вываливается месага. По этому нужно удалять старую версию и искать в портах новую и руками ставить, а потом продолжать обновление...
Совсем не давно обновил мир и ядро. Решил обновить софт. mc не собираться из-за glib, а glib вылетал с какой-то ху*ней. А виноватым оказался gettext который надо было обновить и потом все собралось. А в линуксе написал apt-get update, apt-get upgrade и все.
Также в линуксе есть OpenVZ который в разы лучше jail'а. Спросите почему те кто занимается хостингом использует линукс, а не freebsd.
Удобств больше. Радует что в 9 ветке обновили установщик бсдшный правильным путем идут :)