Столкнулся с похожей проблемой, стоит правда routerboard, mikronik на флэш.
Трабла началась месяца два, до недавнего всё работало относительно стабильно, стоял 3.25, погрешили на версию, апгредили до 3.30, проработало недели две без зависаний.
Пару дней назад система стала вести себя немного странно, сделал ребут, всё заработало нормально, но после этого уже началась прежняя канитель.
Может действительно с правилами queue проблемы, из-за комбинаций с типами пропадает работа с winbox, через телнет ставил на место, всё начинало работать. Но тут быстрый эффект, а с зависанием непонятка, всё происходит спонтанно.
