Что вы понимаете под транком? Если использовать наиболее распространенную терминологию, например как у Cisco, то trunk - это передача дополнительных данных внутри кадра ethernet, таких как tpid, vlan id и приоритета(CoS).
Если использовать менее распространенную терминологию, то это агрегация каналов.
Какое бы из понятий вы не подразумевали, с типом физики(медь или оптика) и с типом разъемов оно никак не связано.
То, что вы назвали транками, скорее всего правильнее назвать магистральными каналами. Не совсем верно, но близко. Это линки между вашими коммутаторами. Если внутри здания и длины соединений не превышают ~90 метров, то смело прокладывайте медь.
