Долгое время приходилось использовать и то, и другое по очереди. Потому что и там и там были свои глюки.
Например, на EoIP иногда интернет вел себя странно, скорость падала, не все сайты открывались, такое поведение обычно указывает на проблемы с MTU.
Решалось обычно или ребутом роутеров, или удалением и пересозданием туннелей с теми же самыми параметрами.
С VPLS чаще всего проблема возникала с поднятием канала просле смены маршрутов. Канал мог "лежать" до тех пор пока физическому интерфейсу не сделаешь down/up
Где-то EoIP вел себя более стабильно, а где-то VPLS.