Am1G0
1) изменения в заголовках в кернеле можно только через sysctl (/proc/sys knobs) поправить, ограничения которые появились в RHEL6 лечатся через ulimit, так что это не заголовки 100%.
2) верно, nproc это ограничение кол во процессов (а также потоков) , просто из сообщения ТС не было ясно какие имменно дескрипторы имеются ввиду, может процесс дескрипторс .
3) в RHEL6 ограничение по открытым файлам в 1024 для root (nofile -- max open file descr.) видимо где то в инит скиптах (вопрос только где именно) выставляется и это ограничение передается всем сервисам запущенным на старте.