Возможно проблема на вашу похожа, был x86 роутер с RouterOS и свитч RB250GS, так вот между свитчем и роутером был линк 1gb, а остальные порты были 100mb, так вот как только начиналась прокачка на все 100 мегабит на каком то из портов свитча росли пинги, и через 1gb линк больше 100 мегабит не прокачивалось, помогло изменение queue type в Interface queue на x86 роутере и что странно с роутербордами работало нормально.