Есть такая ком***:vlan dot1q tag native
Она позволяет сделать native vlan тагированным, но, вопервых, она глобальна для коммутатора (тоесть он на всех интерфейсах станет тегированным), и во вторых, native vlan используется для передачи служебных сообщений, и если вы его затегируете, то ряд протоколов у вас просто перестанет работать, например, тот же LACP (проверено на практике).
Собственно в виду этого, я бы рекомендовал вам отказатся от использования VLAN 1 в качестве менеджмент влан. Собсвенно, согласно тому же Cisco SAFE так и рекомендуется поступить.
Касстельно проблемы с переодическим пропаданием пингов, хотелось бы увидеть show logging и show version с обоих коммутаторов. Да, и мне непонятно, каким образом вы воткнули ОПТИЧЕСКИЙ патчкорд, в порт Catalyst 3550?
По поводу Spanning-tree, да вы правы, такое действительно возможно, поскольку данная технология в каталистах реализована per-vlan, а не per-port. Попробуйте откллючить spanning для 10 vlan, на обоих коммутаторах:
no spanning-tree vlan 10
Если ситуация изменится, то надо искать кольцо. Ещё я бы советовал вам отключить spanning-tree на тех интерфейсах, которые используются для подключения оконечного оборудования.