нет, лучше без стека, от стека можно поиметь только кучу косяков и непоняток.
я не знаю как в 3550, в 3750 во-первых, ресурсы (TCAM, количество VLAN(SVI)) свичей в стеке не складываются,
в третьих всё что в софте(протоколы маршрутизации, arp, stp, etc) обрабатывает CPU мастера стека, и никто больше.
поэтому лучше сделать 2 отдельных свича, и получить на каждом по 1000 уникальных вланов, и связать маршрутизацией.