Если просниффать шину, когда работает ic prog, можно увидеть, что перед сигналом Start на шине есть активность.
Вероятно, что модулю не нравится такое поведение, когда не выдержаны паузы между операциями.
Или скорость в 1kHz не нравится. Сложно гадать. Надо смотреть что у вас происходит на шине.
Если после байта с битом записи (A0 Write) модуль отвечает ACK, а потом не хочет читаться, то может быть проблема в том, что не выдержана пауза перед ReStart и отправкой байта с битом чтения (A1 Read).
Если после байта с битом записи (A0 Write) модуль не отвечает - NACK, тогда надо проверять схему подключения.
На наших устройствах таких проблем никогда не наблюдалось, что Gigalink, что Eoptolink читаются без проблем.