md5 на 10-20(%) медленнее md4, используемого в rsync. Т.е. 5.5 дней md4, против 7 у md5. Полагаю оба вариванта не подходят.
Можно примонтировать по nfs/smb каталог с данными и пользоваться родным rsync. Подозреваю, это тоже не вариант.
Есть вариант посмотреть у всех ли файлов меняется время последнего изменения при остановке софта, но надеяться на это я бы не стал.
Запустить скрипт, собирающий список файлов с их md5, сделать копирование, остановить софт1, запустить скрипт ещё раз, посмотреть что изменилось, докопировать и запустить софт2.
Почему провайдерское? Услуга (в моём понимании) это продукт, а вести учёт продутов можно не только при продажее услуг, но и товаров. Т.е. биллинг - просто система для продажи товаров. Со своими акциями, например с нуля до шести утра единица трафика с 50% скидкой. Со своими бнопнями - купите этого продукта (интернета) по такой-то цене,- получите такого-то продукта (расширение канала до N мбпс) в подарок. Т.е. может вызвать интерес и у вских учтецов складов и т.п.
Ну и выбивать грант на создание Национальной Автоматизированной Системы Рассчётов "Ать".