Мой вам совет. Напишите им в сапорт, адрес есть в памятке оператору. Перед этим сделайте 2 выгрузки... Руками, а вторую автоматом. Они их проанализируют и ответят что там не так. Вот к примеру их ответ на мой похожий запрос.
"Здравствуйте!
Мы проанализировали последние 2 запроса от вас:
1) 07.11.2013 10:57:22 - через веб-сервис, некорректное значение ЭП
(001-веб-сервис.xml, 001-веб-сервис.xml.sig)
2) 07.11.2013 10:48:47 - в ручном режиме, успешный (002-ручной.xml,
002-ручной.xml.sig)
В этих двух запросах использовались разные файлы запроса и его ЭП (файлы
во вложении). При проверке ЭП в ручном режиме на портале госуслуг для
первого случая ЭП действительно некорректная, для второго - корректная.
Более того, при проверке файла запроса из п.2 (002-ручной.xml) с ЭП из
п.1 (001-веб-сервис.xml.sig) подпись получается корректной. То есть при
отправке запроса через веб-сервис у вас подписывается исходный файл,
после чего в нем на вашей стороне происходят изменения (символы перевода
строк 0D:0A заменяются на 0A), и именно в таком измененном виде xml-файл
запроса передается веб-сервису."
Достаточно развернуто ответили. В течении 3-х минут я все переделал и вуаля:)