Большинство AVR работают именно от 3.3 В, допуская питание 5 В.
Индикаторы на 5 В скорее исключение (впрочем, автор купил именно такое исключение с уже распаянным на его контроллере лоу-дроп)), часто приходится хитрить с отдельным понижением питалова к ним и согласованием уровней.
В этом плане, как раз, всё в порядке.
Не в порядке именно с тем, что (как справедливо замечено выше) качественные входные супрессоры имеют хорошую ёмкость, сильно влияющую на общую погрешность измерения "длины".
Да, на чистом МК семейства AVR рефлектометра не построить. А вот с внешним генератором + делител + линия задержки...
Примеры есть: например, широко распространённый в узких кругах частотомер "от 50 Гц до 2 ГГц" стоимостью около $50. Именно AVR + ВЧ делитель. Когда я такой паял, делитель добыл из мёртвой мобилки, кстати.
Так что, всё вполне реально в умелых руках. :-)
P.S. Да, =Dmitry=, именно шаг (точнее, вызванная его разностью в разных парах неидентичность распределённой ёмкости).