Ну, для тысячи вланов нужно использовать другой коммутатор.
100 вланов прокинуть не проблема, один раз настроил и забыл.
На уровне агрегации у нас коммутаторы типа huawei, серии 9300 или 5300, там всё просто, как в циске.
На уровне доступа всего 4 влана, тут уже без разницы какой коммут.