Исключая вариант действительно поврежденного файла, возможны два варианта.
1. Рефлектограммы созданы EXFO, JDSU (у них свои _нестандартные_ алго) или Yokogawa в формате SOR 1.00 (стандартное алго, но другой начальный вектор) или чем-то еще (запамятовал), что тоже использует такой же начальный вектор, как Yokogawa в формате SOR 1.00
2. Рефлектограмма содержит "лишние" байты между блоками (встречается).
Несмотря на то, что положение и границы блоков описаны в заголовке SOR-файла, большинство программ тупо считывают поток байт последовательно, игнорируя информацию из заголовка о реальном положении блока. При этом, если, например, за концом блока SupParams оказалась парочка "лишних" байт (реальный пример), происходит крэш.
В теории (не встречал), можно еще предположить, что версия формата в заголовке не соответствует реальному.
Если нужен точный диагноз, то присылайте саму программу вместе с проблемными файлами - вскрытие покажет :-)